1938年 - 1941年,成立泰生行永裕昌,并出任经理。
1941年 - 1944年,移居澳门,先后与友人组织恒丰裕行、和生行、大丰银号、恒记公司,担任总监督、总经理等职。
1944年 - 1946年,担任镜湖医院慈善会董事、副董事长、董事会主席。
1946年 - 1947年,组织新中行。
1947年 - 1948年,组织大华行,担任总经理、董事长。
1948年 - 1950年,出任澳门中华总商会理事、副理事长、副会长、会长。
1950年起,担任澳门中华教育会理事、副会长、名誉顾问等职。
1950年起,曾任澳门篮排球总会、乒乓总会、象棋总会等会会长,濠江中学、培道中学、商训夜中学、广大中学、青洲小学、镜平学校等校董事会主席。
1952年,担任澳门劳工教育协进会主任。
1984年 - 1988年,担任澳门东亚大学董事会主席。
1976年 - 1996年,担任澳门第一届至第五届立法会议员。
此外,曾任华南企业公司、广东华侨投资公司、广东国际信托投资公司、广州国际信托投资公司、中国国际信托投资公司董事、副董事长等职,暨南大学、仲恺农业学院副董事长,广州大学、南海中学、何香凝纪念学校名誉校长,全国工商联常委,广东省工商联副主委、名誉会长,中华文学基金会会长。
多年以来,历任中国人民政治协商会议第五届全国委员会委员,第六届全国委员会常务委员,第八届、九届、十届、十一届全国委员会副主席,第六届、七届全国人民代表大会常务委员会委员,第八届全国人民代表大会代表,澳门特别行政区基本法起草委员会副主任委员、澳门特别行政区筹备委员会副主任委员。
2002年02月,荣获澳门特别行政区政府颁授大莲花荣誉勋章。
2006年03月,荣获“中华慈善奖”。
2018年12月18日,荣获“改革先锋”荣誉称号及奖章。
抗战期间,将自己的结婚礼金捐献给广东省妇女会战时儿童教养院。同时,通过关系开设一家葡法洋行,专门将抗战物资中转运往内地。
1950年,积极协助内地驻澳机构购运战略物资,支持解放军解放海南与广西。
抗美援朝期间,与港澳爱国人士一起从国外采购大量急需物资运进内地,有力地支援抗美援朝。
在深圳特区成立之初,与霍英东、何贤率先向珠江三角洲投资,兴建第一家合资的星级宾馆中山温泉宾馆,并兴建从澳门到广州的4座大桥。
捐资设立“马万祺科技创新与医疗扶助基金”、“大华教育基金会”、“马万祺奖励基金”,奖励内地医院救治技术创新、资助高校奖学金等助学项目。同时,还捐资为家乡修建学校和医院大楼,为家乡的教育和医疗事业奉献爱心。此外,积极参与筹建中华文学基金会,为推动对外文化交流、传播和弘扬中华优秀传统文化做出积极贡献。
2003年,抗击“非典”斗争中,积极带头并号召驻澳门的全国人大代表和各级政协委员捐款捐物,购买医疗设备,分送到北京、河北等地。
2008年,汶川特大地震发生后,带头捐款,连同澳门地区全国政协常委发出倡议,推动澳门各界关心灾情,帮助灾区重建家园。