（1）畜禽粪肥或以畜禽粪肥为主要原料的有机肥含盐分较重、易使土壤盐化，升高土壤盐浓度，提高营养元素对农作物的肥效临界点，增大施肥量。严重时会导致种子不发芽、烧苗、烧根。

（2）畜禽粪肥的氮是以尿酸形态氮为主，尿酸盐不能直接被作物吸收利用，它在土壤中分解时消耗大量的氧气，释放出二氧化碳气，故易伤害作物根部。

（3）畜禽粪肥中可以检出芽胞杆菌属、大肠杆菌以及十多个属的真菌和一些寄生虫等，自身带较多病菌、虫卵，还易引病虫害。

（4）部分畜禽粪肥存在着微量元素含量超标的问题。在畜禽饲料中，由于大量添加铜、铁、锌、锰、钴、硒和碘等微量元素，使得许多未被畜禽吸收的微量元素积累在畜禽粪便中。根据有关单位调查，一些大中型畜禽养殖场所使用的饲料中，重金属污染比较严重，铜、锌、铬、铅和镉的含量普遍超过国家饲料卫生标准或无公害生产饲料标准，尤其砷和汞等毒害元素也个别超标。

（5）大部分畜禽粪肥或以畜禽粪肥为主要原料的有机肥呈酸性，易生病菌，须用石灰中和，致土壤板结；

（6）畜禽粪肥或以畜禽粪肥为主要原料的有机肥肥性较热，在高温天气使用，易烧苗烧根；

（7）畜禽粪肥或以畜禽粪肥为主要原料的有机肥需要堆沤腐熟后使用、人工多，周期长；

（8）畜禽粪肥或以畜禽粪肥为主要原料的有机肥因杂质较多，纯度偏差极大，含量极不稳定，无法保证施用养分含量及效果。