1、介质不同

中性笔的笔芯是水性物质，呈啫喱状，笔迹可以保存很长时间，写起字来有一定的摩擦力，比较容易控制笔尖，基本上常用的颜色有黑色、蓝色和红色等。

圆珠笔的笔芯属于干稠油墨型，依靠笔头上可以转动的钢珠把油墨转写到纸上，书写比较润滑，颜色种类比中性笔要多。

2、笔头形状不同

中性笔的笔头分为子弹头、半针管和全针管，子弹头笔芯比较粗，最常使用的型号为0.5毫米，全针管是最常使用的型号，一般有0.25毫米的型号，半针管型号一般为0.35毫米和0.38毫米。

圆珠笔分为油性和水性，油性笔头和水性笔头的直径都是由笔芯里的钢珠决定的，油性笔头常见的直径有1毫米、0.7毫米和0.5毫米，水性圆珠笔的笔头分为炮弹式和针管形状，总的来说油性圆珠笔使用的最广泛。

3、字痕不同

用中性笔写字，纸张的背面基本上没有较为明显的痕迹，书写起来流畅度非常好，而圆珠笔写字，纸张反面就会有比较明显的笔痕，并且写字容易打滑，时间长了还易褪色、漏油，所以像大型的考试或者签订正式的合同、文件一般都会使用黑色的中性笔，而不是使用圆珠笔。