1955年，为改变人民群众缺医少药现状，东莞县人民政府决定由县财政拨款组建国营东莞县药品公司，并定址城区阮涌路47号。东莞人民群众习惯称为“国药”。1984年改称为东莞县医药联合公司，1987年改称为东莞市医药总公司。至1987年，先后共成立31家国营医药公司和1家生产企业，率先将供药网络延伸至各镇区。1990年增挂“东莞市医药管理局”牌子。2001年，组建东莞国药药业连锁有限公司，注册“东莞国药”新商标，大力发展直营连锁，实施品牌战略。同年5月，成立东莞市国药质量检测中心，并于2006年获发中国合格评定国家认可委员会颁发的“实验室认可证书”。中心坚持对东莞国药系统内首营品种进行检测，有效将1326个假劣药拒于“国药”门外，保证人民用药安全。2002年，组建大型药品配送中心和中药饮片配送中心，占地面积4.4万平方米。实施电脑化管理，统一购进，集中配送。2004年，完成企业转制工作，将广东省东莞市医药总公司与东莞国药药业连锁有限公司合并，更名为广东省东莞国药集团有限公司，并成立董事会与监事会，成为东莞市唯一一家国有控股医药企业，隶属东莞市国有资产监督管理委员会。2018年，东莞国药引入广东益建集团（正道地）资本。

截至2020年，东莞国药旗下有31家分公司，7个中心、2家中药饮片厂和1500多间直营连锁药店，居于全国零售行业前列。

近年来，东莞国药集团的中药产品不断研发创新，实现新发展。

中药饮片生产逐步实现从有硫到无硫。2009年，东莞国药公司与产地合作，运用现代科技，研发出新一代系列无硫中药饮片。投放市场后，深受消费者欢迎，销量从初期的每月5万多元增加到现在的每月350多万元。

研制出五花茶凉茶饮料。东莞地处岭南地区，常年高温高湿的气候容易使人们产生湿热症状。在实践中，东莞国药组制“五花茶”，提供给群众到药店购买回家煎服，深受欢迎。

改进传统炮制工艺，提高生产效率。中药的加工炮制，过去一直是手工操作，由于工艺复杂，每个环节都要精确把握，否则很容易产生不合格品。近年来，东莞国药经过反复探索，实现用机器炮制，不但产品质量稳定，而且产量得到大幅提高。

鹿茸薄片的质量控制，实现从定性到定量。1991年东莞国药通过反复试验和大量数据，制定《鹿茸薄片内控质量标准》。

适应医改变化，推行中药“微包”配方，使医院不再需要手抓中药厘戥称重调配处方，提高工作效率和准确性。同时创新“微粉”工艺，使之更容易吸收。