2005年，为提高我国男科的学术水平和临床诊疗水平，满足学科建设和男科疾病诊疗需要，在郭应禄院士的直接组织领导下，北大医院男科中心正式成立运行。北大医院男科中心拥有中西医男科学专家，集医疗、教学、科研为一体，男科学发展进入规模化、规范化的迅速发展阶段。

医疗工作主要针对男性性功能障碍、男性不育症、男性生殖器畸形、前列腺疾病、性腺功能障碍、生殖系感染、性传播疾病、男性计划生育、男性更年期综合症、男性生殖系统肿瘤等等，包括门诊、辅助检查、病房及手术室四个区域，设有药剂科、检验科、心电图室、超声室、放射科、尿动力学检查室、男女性功能检查室、电生理室、骨密度检查室、膀胱镜检查室等，主要检查设备包括岛津多功能数字化遥控X光诊断系统、GE数字彩色超声诊断系统、Laborie和Medtronic影像尿动力测试仪、Medtronic盆底肌电诊断仪、Lunar双能X线骨密度仪、RigiScan阴茎硬度测量仪、MEDOC定量感觉障碍测定仪、全自动血、尿、精液、全自动酶联免疫分析仪等，治疗系统包括泌尿男科腔镜诊断治疗系统（包括全数字化膀胱尿道镜、尿道内切开镜、前列腺电切镜和腹腔镜）；Laborie和Medtronic生物反馈治疗系统；男女性功能障碍治疗系统；CO2激光治疗系统；全套数字化重症监护系统；显微外科专用手术设备等，常规开展阴茎假体植入、阴茎背深静脉结扎、阴茎背神经矫形、显微镜下输精管-输精管吻合和附睾输精管吻合、男性外生殖器整形等男科特色手术。至今北大医院男科中心已经成为国内公立医院中规模大、设备齐全的治疗水平较高的单位。