手术第一步就是将喉结通过整形给去除掉，精子实行冷冻，接着就是进行一个隆乳手术并且切除睾丸，最后就是再造出一个阴道。整个手术的过程与女性转变为男性是相反的，但是过程来说相对于比较简单。

变性手术的男女严格地说都未从生理上、解剖学上和功能上完全实现女性化或男性化。男变女或女变男都没有生殖能力，这是变性手术将来要解决的一个难题。

要解决这个问题，就要做器官移植或像国外研究下世纪可以让男人生孩子。把受精卵和胚胎放入男人腹腔内，怀孕到一定时期，完全摹拟母体内环境，定量吃药形成雌激素环境。这样男人也可以怀孕，到孕期将满时对其施行剖腹产。

所以解决变性人的生育问题可从这方面突破。另外，还可从器官移植方面进行突破。男变女患者可以移植女性的子宫、卵巢和腺体；女变男患者可移植男性的阴茎和睾丸。现在整形外科技术已达到人体任何器官都可用显微外科手术移植成活的程度，但还是解决不了排斥反应的问题。

目前变性手术比较成熟的只有男性变为女性，一般情况下需要先将阴茎和睾丸切除，然后拿部分的直肠或者结肠作为阴道的替代材料，在睾丸下方切口做一个假性阴道，但没有办法，做成真正的子宫和卵巢，所以变性手术，只是在形态上有一些变化，并不具备生育能力。